欧洲研究所目前设有经济研究室、欧洲政治研究室、欧盟法研究室、欧洲社会文化研究室、国别研究室、中东欧研究室、国际关系研究室7个研究室，以及《欧洲研究》编辑部和行政及科研办公室。欧洲研究所承担中国社会科学院研究生院欧洲研究系专业课教学与研究生指导工作，同时设有博士后流动站，并接收国内外访问学者。中国欧洲学会和中国世界政治研究会挂靠在欧洲研究所，学会秘书处设在本所内。院级智库中国—中东欧国家智库交流与合作网络以及中国—中东欧研究院由欧洲研究所代管，秘书处或办公室设在欧洲研究所。两家院级海外研究中心—葡萄牙科英布拉中国研究中心和希腊拉斯卡瑞德斯基金会中国研究中心也由欧洲研究所代管运营。