欧洲研究所内设机构共10个，分别为：办公室、欧洲经济研究室、欧洲政治研究室、欧洲社会文化研究室、国际关系研究室、中东欧研究室、欧盟法研究室、欧洲历史研究室、欧洲大国与战略研究室、《欧洲研究》编辑部。欧洲研究所承担中国社会科学院大学国际经济和政治学院欧洲研究系专业课教学与研究生指导工作，同时设有博士后流动站。中国欧洲学会和中国世界政治研究会挂靠在欧洲研究所，学会秘书处设在本所内。欧洲研究所代管两家智库，分别是：中国—中东欧研究院（中国在欧洲第一家独立注册的海外智库）、中国—中东欧国家智库交流与合作网络（院级智库），两家智库的秘书处或办公室设在所内。欧洲研究所代管三家院级海外中国研究中心，分别是：葡萄牙科英布拉中国研究中心、希腊拉斯卡瑞德斯基金会中国研究中心和塞浦路斯中国研究中心。